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Proteômica

Proteômica

Proteômica GenOne

Além dos serviços de Genômica avançados oferecidos pela GenOne, também oferecemos serviços de análise de proteínas. Juntas, Genômica, Transcriptômica e Proteômica, permitem um alto nível de compreensão dos sistemas biológicos.

perfil-proteomicaPerfil Proteômico

O perfil proteômico é estudo com o objectivo de caracterizar o número máximo possível de proteínas de um organismo completo, fluidos corporais, ou extratos.

A criação deste perfil pode servir de base para futuros estudos de alterações quantitativas ou avaliações de proteínas específicas. Em combinação com a análise transcriptômica, os perfis proteômicos fornecem informações claras sobre a dinâmica de um dado sistema biológico.

Casos:

The Oyster Genome Reveals Stress Adaptation and Complexity of Shell Formation. Nature. 490, 49–54 (2012).

In-depth Proteome Analysis of The Rubber Particle of Hevea Brasiliensis (Para Rubber Tree). Plant Mol Biol. 82(1-2):155-68 (2013).

Proteômica Quantitativa – iTRAQ.

proteomica-quantitativaA tecnologia iTRAQ (isobaric tag for relative and absolute quantitation), é uma técnica não baseada em eletroforese em gel que é utilizada para quantificar proteínas de diferentes fontes de uma única vez. O método baseia-se na marcação covalente da porção N-terminal e das aminas de cadeia lateral de peptideos a partir da digestões de proteínas com tags de massa variável.

O iTRAQ_8-plex_kit que nós fornecemos podem ser usados para marcar todos os péptidos de diferentes amostras/tratamentos. Estas amostras são então reunidas e geralmente fraccionadas por nano cromatografia líquida, seguido de análise por espectrometria de massa em tandem (MS/MS). Uma busca em bancos de dados é então realizada utilizando os dados da fragmentação para identificar os peptidos marcados e, consequentemente, as proteínas correspondentes. A fragmentação do tag gera uma baixa massa molecular de íons repórters que podem ser utilizada para quantificar relativamente os peptideos e as proteínas que lhes deram origem.

Casos:

Identification of Novel Biomarkers for Sepsis Prognosis via Urinary Proteomic Analysis Using iTRAQ Labeling and 2D-LC-MS/MS. Plos one. DOI: 10.1371/journal.pone.0054237 (2013).

 

Proteômica Quantitativa – Label-Free

quantitativa-label-freeEsta técnica é baseada na intensidade do sinal precursor ou na contagem espectral. O primeiro é na maioria dos casos aplicados a dados adquiridos em espectrômetros de massa de alta precisão, equipados com analisadores de massa de nova geração. A energia de alta-resolução facilita a extração de sinais dos peptídeos no nível MS1 e assim desacopla a quantificação do processo de identificação. Com a contagem espectral ocorre a quantificação do número de espectros identificados para um dado peptídeo em diferentes amostras biológicas e, em seguida, integra os resultados para todos os peptídeos obtidos da(s) proteína(s) que são quantificadas.

Casos:

Comparative Analysis of Dynamic Proteomic Profiles between in Vivo and in Vitro Produced Mouse Embryos during Postimplantation Period. J. Proteome Res. 12 (9), 3843–3856 (2013).

Identificação de Proteínas

identificacao-proteinasA identificação de proteínas pode ser executada em uma grande variedade de amostras, incluindo spots ou bandas de gel, IP, etc. As proteínas são analisadas tanto por MALDI-TOF/TOF ou por nano-LC-ESI-MS/MS e, em seguida, identificados utilizando as massas peptídicas ou espectros de fragmentação MS/MS.

Nós fornecemos os resultados de identificação de proteínas em um relatório eletrônico que também inclui os resultados da análise bioinformática, como GO e vias de sinalização.

Serviços:

Identificação de proteínas em spots/bandas de géis

Identificação de proteínas de bandas visíveis ou spots obtidas de géis corados com Coomassie ou ou com prata.

  • Identificação de proteínas desconhecidas em géis 1D ou 2D.
  • Verificação de produtos de expressão de proteínas.
  • A detecção de proteínas co-preciptadas em testes de imunoprecipitação.

Bandas - LC-MS/MS
Bandas – LC-MS/MS

prote2
Spots – MALDI-TOF/TOF

prote3
Peso Molecular

 

Casos:

Proteomics Study of Rice Embryogenesis: Discovery of The Embryogenesis-dependent Globulins. Electrophoresis. 33(7):1129-38 (2012).

 

 

Genômica

Genômica

Sequenciamento de Última Geração

Para sequenciamento em larga escala dispomos das principais plataformas existentes no mercado. A GenOne Biotech traz o melhor em sequenciamento de última geração ao seu alcance.

Oferecemos acesso aos serviços de sequenciamento nas plataformas mais modernas das linhas Illumina HiSeq/MiSeq/NextSeq, Life Technologies Ion™, PacBio e outras que podem ser utilizadas conforme suas necessidades de sequenciamento, captura e enriquecimento genômico.

Combinando a expertise das nossas equipes e laboratórios parceiros, podemos oferecer o serviço completo desde a extração das amostras e preparo das bibliotecas. Trabalhamos com as plataformas que representam as mais recentes tecnologias em sequenciamento de DNA, fornecendo eficiência superior e custo por base reduzidos.

Contando com a equipe GenOne você pode ter soluções rápidas e eficientes para pesquisas em genômica humana, animal, vegetal e de microorganismos.
A GenOne não comercializa equipamentos e reagentes das plataformas citadas acima.

plataformas

Aplicações

APLICAÇÕES:

Sequenciamento de pequenos genomas: Microorganismos e vírus (De-novo e ressequenciamento) caracterização e patógenos mutações e fatores de virulências alteradas. sequenciamento mitôcondrial.

Targeted (Amplicon) Re-Sequencing: Detecção de mutações somáticas e por deep sequencing; Detecção de mutações em linhagens germinativas; Caracterização de tumores, através do kit “Ion Ampliseq ™ Cancer Panel você pode testar mutações em 739 genes ao mesmo tempo.

Validação de bibliotecas: Validação da complexidade das bibliotecas utilizadas nas plataformas de sequenciamento em larga escala.

Validação de Genoma / Exoma totais: Tecnologia ortogonal para validar resultados de sequenciamento total obtidos em outras plataformas.

Bibliotecas em código de barras: Sequenciamento de amplicons de diversas amostras em uma mesma corrida através do uso de bibliotecas em código de barras.

Target Capture: Compatibilidade com a tecnologia Target Capture

Número de cópias: Detecção do número de cópias no genoma total ou específico.

Leitura pareada das extremidades: (Paired End Reads): Leitura das duas extremidades de fragmentos grandes para permitir um mapeamento mais eficiente.

ChIP-Seq: Perfil genômico em complexos de proteína-DNA imunoprecipitados.

RNA Seq: Sequenciamento total de exomas, permitindo a identificação de novos transcritos independente de sondas como é feito nos ensaios de microarray.

Requisitos das Amostras

Solicita-se:

uma razão A260/280 ≥ 1.8 para todas as amostras.

Um volume ≥ 10µl para todas as amostras, exceto no caso de RNA que deverá ser ≤ 19 µl. No caso do fornecimento de templatesa seremusados para preparação de biblioteca de amplicons, as condições de PCR (primers e parâmetros de ciclos) devem ser fornecidos pelo cliente, a menos que outros acordos tenham sido feitos pessoalmente para o sequenciamento.

A tabela abaixo informa as necessidades específicas conforme a natureza das amostras e do tipo de sequenciamento.

Os valores mínimos são os requisitos mínimos e absolutos, se possível, fornecer amostra extra para garantir precisão e permitir o controle de qualidade adequado. Não recomendamos que as amostras sejam quantificadas por espectrofotometria (incluindo NanoDrop)devido à possibilidade de ter a concentração superestimada.

Devido as variações da quantidade de amostra aceitáveis para a preparação das bibliotecas, esta tabela não é definitiva.

Entre em contato com a GenOne para discutir suas necessidades específicas. Algumas alterações de requisitos podem ser permitidos com a autorização da GenOne.

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Clique aqui para fazer o download das amostras

Especificações das plataformas

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Para maiores informações entre em contato.

 

Síntese de Peptídeos

Síntese de Peptídeos

A GenOne fornece uma gama completa de serviços de produção de peptídeos de altíssima qualidade que vão desde a síntese de peptídeos, síntese seguindo boas práticas de fabricação (BPF), modificações, biblioteca de peptídeos e arrays. Além disso, realizamos gratuitamente o design de peptídeos imunogênicos visando a produção de anticorpos.Oferecemos peptídeos sintéticos produzidos sob processos com Garantia Total da Qualidade e ISO 9001:2008 para garantir a satisfação completa dos nossos clientes. As análises MS e HPLC são realizadas em todos os peptídeos produzidos. O controle da qualidade e a garantia da qualidade seguem procedimentos de forma independente visando oferecer dupla garantia e a mais alta qualidade possível em cada peptídeo entregue.

Recomendação de Pureza

A GenOne Biotechnologies propõe a seguir uma tabela com a pureza dos peptídeos recomendada para os ensaios mais comuns solicitados pelos nossos clientes.

Pureza recomendada
Aplicações
Imunologia Peptídeo pureza > 70%
  • Antígeno para a produção e purificação por afinidade de anticorpos policlonais
  • Testes de ELISA
  • Peptide arrays
Bioquímica Peptídeo pureza > 85%
  • Mapeamento de epítopos
  • Estudos semi-quantitativos de interação enzima-substrato
  • Estudos de fosforilação
  • Estudos de peptide blocking por Western blotting
  • Ensaios in vitro
  • Estudos de aderência celular
Alta Pureza Peptídeo pureza > 95%
  • Estudos quantitativos de interação receptor-ligante
  • Ensaios quantitativos de inibição e bloqueio competitivos
  • Estudos quantitativos de fosforilação
  • Estudos quantitativosde proteólise
  • Estudos de NMR
  • Ensaios in vitro
  • Estudos in vivo
  • Geração de curvas de padrão
Industrial Peptídeo pureza > 98%
  • Peptídeos BPF para estudos de drogas
  • Peptídeos para a indústria cosmética
  • Ensaios clínicos
  • Estudos de relação estrutura x atividade (SAR)

Modificações Realizadas

A seguir mostramos a grande diversidade de modificações que podem ser realizadas ao fazer o seu pedido com a GenOne Biotechnologies, porém caso deseje alguma que não esteja na lista não hesite em solicitar mais informações.

Modificações N-Terminal Modificações C-Terminal Modificações diversas
Acetilatação (Ac) Amidação Biotinilação, Fluoróforos
Formilação (For) AMC Pontes dissulfeto
Ácidos Graxos Aldeído Fosforilação
Benzoil (Bz) Alcool Conjugação com BSA, KLH, OVA
Benziloxicarbonilação (CBZ) Éster (OMe, OEt) PEGlação
Bromoacetil (Br-Ac) p-Nitroanilina (pNA) MAPS
Piroglutamil (pGlu) (Pyr) NHMe, NHEt e NHisopen Peptídeos Cíclicos
Succinilação (Suc) tBu Fluorescência e Quenchers
tert-Butoxicarbonil (Boc) TBzl Aminoácidos Especiais
3-Mercaptopropil (Mpa) Cisteamida (Cya) Metil e N-Metil

Síntese de Oligonucleotídeos

Síntese de Oligonucleotídeos

GenOne Biotechnologies usa química otimizada por phosphoramidite e reagentes de alta qualidade. O processamento de síntese de oligo é realizado em uma plataforma de computador totalmente integrado. Nosso sistema foi construído em base de resultado através de programas de síntese com uma eficiência de acoplamento típico de 99%. Com esta eficiência somos capazes de sintetizar oligos com comprimentos de até 125 bases. A Síntese é realizada sob condições sem sal, o que evita a necessidade de purificação adicional para aplicações mais básicas de biologia molecular, como PCR, RT-PCR, seqüenciamento, estudos de hibridização, e estudos antisense. Purificação adicional por HPLC, PAGE ou cartucho está disponível para aplicações mais sensíveis.

Síntese de DNA é realizado a partir de 3 ‘para 5’. Bases estão ligadas à cadeia crescente de acordo com o padrão de reações ß-cyanoethyl químicas. Cada ciclo é composto de:

Desbloqueio: A primeira de nucleotídeos, ligadas ao suporte sólido (CPG ou poliestireno) é desprotegido, removendo o grupo DMT- protegido. O resultado é um grupo 5′-hidroxila livre que é capaz de reagir com o nucleotídeo seguinte.

Acoplamento: O nucleotídeo seguinte é adicionado à reação e é ligado covalentemente (acoplado) para o nucleotídeo anterior.

Nivelamento: Qualquer um dos nucleotídeos que não reagiu é limitado para que não participe mais em qualquer etapa subseqüente.

Oxidação: O elo entre o primeiro e o segundo nucleotídeos são oxidados para estabilizar a cadeia crescente.

Desbloqueio: O 5 ‘do grupo DMT é removido do segundo nucleotídeo para prepará-lo para ciclos posteriores. Além do nosso padrão de oligos, nós oferecemos uma extensa série de modificações disponíveis. Alguns são descritos neste site. Entre em contato conosco se você não encontrar a informação sobre a modificação que você gostaria.

Síntese de Genes

Síntese de Genes


sintese-de-genes-gen-oneA GenOne oferece os melhores serviços de síntese de genes do mercado, com a garantia de um atendimento rápido, de ótima qualidade e de poder contar com o suporte de profissionais com doutorado na área.

Ganhe tempo para o que realmente é importante, os nossos clientes recebem os seus pedidos em prazos a partir de 15 dias úteis, dependendo da complexidade do seu gene.

Como funciona?

• Envie-nos as sequências dos genes que deseja sintetizar (pode nos enviar tanto a sequência dos nucleotídeos quanto a sequência da proteína).

• Informe os sítios de restrição que deseja nas extremidades.

• Informe os sítios de restrição que não poderão estar no meio da sequência.

• Solicite a otimização de códons e checagem do quadro de leitura.

• Após a confirmação da sequência otimizada iniciamos a síntese.

• Os genes são então clonados nos vetores padrão – pUC ou pBluescript (você escolhe).

• Caso deseje, nos envie o seu plasmídeo para que seja feita a subclonagem ao seu vetor de uso final.

• Os plasmídeos são então sequenciados e enviados junto com os dados de controle de qualidade.

 

A otimização dos códons para melhorar a expressão em sua espécie alvo, bem como a checagem do quadro de leitura e remoção de sítios de restrição indesejados são realizados gratuitamente. Utilizamos softwares de última geração e com os mais modernos algorítimos para realizar a otimização dos códons.

Os genes são clonados em plasmídios pUC ou pBluescript por padrão, podendo também ser subclonados para o seu plasmídio de interesse por uma taxa adicional.

Nossa expertise permite a construção de genes complexos, maiores que 3kb e de alto teor GC.

Como pedir uma cotação?

Envie-nos a sua sequência informando os sítios de restrição que deseja ter nas extremidades, e se for o caso solicite a otimização de códons e dê maiores informações sobre o plasmídio a ser subclonado (nome, mapa, tamanho, se é de replicação rápida ou lenta e o antibiótico para seleção).

Os valores dependem do tamanho e da complexidade das suas sequências e também das características do seu plasmídio caso contrate o serviço de subclonagem.

Para ver algumas opções de sequências utilizadas em biologia molecular: Clique Aqui .

Nota:

A GenOne Biotechnologies não irá reivindicar direito intelectual sobre nenhuma sequência sintetizada e se compromete a manter sigilo total sobre as informações trocadas entre os pesquisadores e empresas parceiras prestadoras de serviço. Caso deseje um termo de confidencialidade solicite-nos.