Metabarcoding 16S, 18S, ITS e outros.
Serviço completo podendo começar na extração de DNA e indo até a bioinformática para a listagem de microrganismos presentes e comparação das amostras. São inúmeras as aplicações do metabarcoding, desde o controle ambiental até a bioprospecção.
Análises completas, com sequenciamento parcial em Plataforma Illumina e leitura de regiões completas em PacBio Revio.
Bioinformática
- Processamento dos dados (estatística, conversão de formato, filtragem de clusters com tags não redundantes).
- Composição e abundância das espécies
- Complexidade de cada amostra (aplha diversity - Dilution Curve, Chao1, Shannon, Rank Abundance)
- Diferença de complexidade entre diferentes amostras ( beta diversity, amostras ≥ 2; (Un)weighted Unifrac distance, PCA/PCoA, Sample Clustering)
- Fatores de significância responsáveis por diferenças de complexidade entre amostras (KRONA, Clustering based on Species abundance, Phylogenetic tree, Heatmap, Metastats)
- Clustering da composição de espécies entre as amostras (amostras ≥ 3)
Exemplos:
Entre em contato e peça um exemplo de relatório gerado.
Os dados serão disponibilizados através de servidor FTP, por compartilhamento via cloud storage (Google Drive) ou gravado em mídia apropriada.
Amostras:
Podemos receber amostras únicas ou até milhares por vez. Só é necessário o envio de DNA purificado, com fragmentos maiores médios maiores que o alvo a ser buscado, concentração superior à 20ng/ul (medida no qubit - nanodrop não é recomendado) e volume de ~20ul. Enviar no mínimo 400ng de DNA por cada alvo Illumina, ou 1ug para PacBio (recomendado enviar sempre amostras em concentração e quantidades maiores que as mínimas solicitadas). Quantificar as amostras por fluorescência, eg. Qubit ou similar.
Também podemos receber diversos tipos de amostras para a extração de DNA, como solo, frutas, membranas de filtração, etc. Converse com nossos especialistas.
O controle de qualidade é realizado através da amplificação das amostras com os primers escolhidos. As amostras devem amplificar no tamanho esperado, caso contrário serão recusadas. Tentaremos mudar as condições da PCR para conseguir amplificar a amostra, em cada reação utilizamos cerca de 100-200ng de DNA, por isso se faz necessário o envio de uma quantidade maior. Em caso da presença de inibidores, e se o cliente enviar mais que 1ug de DNA, é possível tentar uma etapa de purificação, valor a combinar.
Alvos disponíveis:
Plataforma | Tipo | Região Alvo |
(PE250) | Bactéroas | 16SV3+V4 |
16S V4+V5 | ||
16S V4 | ||
Endophytes 16S V3+V4 | ||
Arquéias | 16S V3+V4 | |
Fungos | ITS1 | |
ITS2 | ||
Eucariotos | 18S V4 | |
Genes Funcionais do Ciclo do Nitrogênio | nirS | |
narG | ||
nosZ | ||
Genes Funcionais do Ciclo do Nitrogênio | nifH(nested) | |
Ammonia-oxidizing archaea(AOA) amoA | ||
Ammonia-oxidizing bacteria(AOB) amoB | ||
nirS | ||
nirK | ||
nosZ | ||
Micorrizas arbusculares | AMF | |
(HiFi) | Bactérias | 16S |
Eucariotos | 18S | |
Fungos | ITS | |
Archaea | Archaea 16S | |
Eucariotos | COI | |
Algas | Algae 18S V4 | |
Eucariotos | 18S V7 | |
Ciclo do Nitrogênio | nifH |
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