Um grupo fosforotioato é um grupo fosfato modificado com um dos átomos de oxigênio substituído por um átomo de enxofre. Em um oligo fosforotioado (freqüentemente chamado de "S-Oligo"), alguns ou todos os grupos fosfato internucleotídeo são substituídos por grupos fosforotioato.
A "espinha dorsal" modificada de um S-Oligo é resistente à ação da maioria das exonucleases e endonucleases. Esses S-Oligos podem ser úteis em algumas aplicações "anti-sentido" devido à sua estabilidade aumentada.
GenOne pode produzir locais de fosforotioato entre todos os resíduos ou em locais especificados dentro de uma sequência. Uma opção útil é sulfurar apenas os últimos resíduos em cada extremidade do oligo. Isso resulta em um oligo que é resistente às exonucleases, mas tem um centro de DNA natural.