Metabarcoding 16S - 18S e ITS

Serviço completo podendo começar na extração de DNA e indo até a bioinformática para a listagem de microrganismos presentes e comparação das amostras. São inúmeras as aplicações do metabarcoding, desde o controle ambiental até a bioprospecção.

Para o metabarcoding, temos o serviço completo e econômico, basta nos enviar as amostras e as amplificaremos com um dos pares de primers descritos abaixo de acordo com sua escolha. Possuímos pacotes completos com o sequenciamento de 30mil, 50mil ou 100mil reads PE250 em plataforma Illumina HiSeq2500 mais a bioinformática com gráficos e imagens em alta definição.

Bioinformática básica:

1. Processamento dos dados (estatística, conversão de formato, filtragem de clusters com tags não redundantes).
2. Composição e abundância das espécies
3. Complexidade de cada amostra (aplha diversity - Dilution Curve, Chao1, Shannon, Rank Abundance)
4. Diferença de complexidade entre diferentes amostras ( beta diversity, amostras ≥ 2; (Un)weighted Unifrac distance, PCA/PCoA, Sample Clustering)
5. Fatores de significância responsáveis por diferenças de complexidade entre amostras (KRONA, Clustering based on Species abundance, Phylogenetic tree, Heatmap, Metastats)
6. Clustering da composição de espécies entre as amostras (amostras ≥ 3)

Entre em contato e peça um exemplo de relatório gerado.

Os dados serão disponibilizados através de servidor FTP, por compartilhamento via cloud storage
(Google Drive) ou gravado em mídia apropriada.

Amostras:

Podemos receber amostras únicas até milhares por vez. Só é necessário o envio de DNA purificado, com fragmentos maiores que 500bp, concentração superior à 20ng/ul (medida no qubit - nanodrop não é recomendado) e volume de ~20ul. Enviar no mínimo 400ng de DNA, recomendado enviar 1ug de DNA ou mais.

Também podemos receber diversos tipos de amostras para a extração de DNA, como solo, frutas, membranas de filtração, etc.

O controle de qualidade é realizado através da amplificação das amostras com os primers escolhidos. As amostras devem amplificar no tamanho esperado, caso contrário serão recusadas. Tentaremos mudar as condições da PCR para conseguir amplificar a amostra, em cada reação utilizamos cerca de 100-200ng de DNA, por isso se faz necessário o envio de uma quantidade maior. Em caso da presença de inibidores, e se o cliente enviar mais que 1ug de DNA, é possível tentar uma etapa de purificação, valor a combinar.

Primers disponíveis:* ITS1 está localizado entre os genes de rRNA 18S e  5.8S; ITS2 está localizado entre os genes de rRNA 5.8S e 28S.

* ITS1 está localizado entre os genes de rRNA 18S e 5.8S; ITS2 está localizado entre os genes de rRNA 5.8S e 28S.