Grupo GenOne Biotech ©
GenOne – Soluções em Biotecnologia
Menu
  • Home
  • Empresa
  • Produção de Biomoléculas
  • Multiômica
  • Produtos
  • Clientes
  • Contato

Visão geral de modificações disponíveis

Home / Síntese de Oligonucleotídeos / Visão geral de modificações disponíveis

Oligos Modificados.

1 - mais de 300 modificações disponíveis;

2 - Modificações alternativas econômicas para os corantes VIC, NED e PET;

3 - DNA, RNA 2'0-Me, estruturas LNA;

4 - Os oligos podem ser modificados de várias maneiras, utilizando os grupos ativos do nucleotídeo ou criando análogos de nucleotídeo. Fornecemos uma longa lista de modificações para seus oligos e essa lista ainda está crescendo.

Tabela de Fluoróforos

Clique aqui para ver a tabela de Fluróforos

Quenchers

Seu oligo de DNA pode ser equipado com 5 tipos diferentes de inibidores. O inibidor é incorporado ao oligo durante o tempo de síntese de DNA.

  • Dabcyl
  • TAMRA
  • Quenchers
  • Black Hole Quencher 1
  • Black Hole Quencher 2
  • BlackBerry Quencher 3
    Visão geral da compatibilidade de corantes fluorescentes e inibidores.

ROTULAGEM DABCYL

Propriedades de absorbância de luz Dabcyl e ausência de fluorescência residual. Portanto, Dabcyl é mais comumente usado como um inibidor em sondas de diagnóstico, como Molecular Beacons ™. Um Molecular Beacon ™ é essencialmente uma sonda de hibridização que consiste em um fluoróforo, um inibidor, estrutura de haste e uma sequência de oligonucleotídeo definida complementar àquela do ácido nucleico alvo. No estado inativo, quando a sonda não é hibridizada com sua sequência alvo, a energia de fluorescência do fluoróforo é transferida para o inibidor por um processo de extinção estática. Para que a transferência de energia luminosa ocorra de forma eficiente, o fluoróforo e o supressor devem estar próximos. Este requisito é considerado no design do Molecular Beacons ™. A hibridização da sonda Molecular Beacon ™ com sua sequência alvo resulta na quebra das ligações H, mantendo o fluoróforo e o supressor justapostos, permitindo que eles se separem, resultando em fluorescência.Dabcyl pode ser facilmente introduzido em muitas posições na extremidade 5 ', na extremidade 3', ou internamente substituindo qualquer resíduo dT adequado por Dabcyl-dT. As propriedades de absorção do Dabcyl limitam a gama de corantes que ele pode extinguir, que é restrita àqueles que emitem a 400-550 nm (absorção máxima, 471 nm). No projeto do Molecular Beacons ™, o fluoróforo e o Dabcyl são aproximados o suficiente para permitir que um espectro ligeiramente mais amplo de corantes seja extinto, aumentando assim a versatilidade da molécula de Dabcyl.

ROTULAGEM TAMRA (RODAMINA)

As propriedades de absorção de luz de TAMRA e a sobreposição espectral com vários fluoróforos comumente usados ​​- incluindo FAM, HEX, TET e JOE, tornam-no útil como um inibidor para o projeto de sondas duplas marcadas. A utilidade do TAMRA é, no entanto, limitada devido ao seu amplo espectro de emissão, o que reduz sua capacidade de multiplexação. Sua fluorescência intrínseca contribui para o sinal de fundo, potencialmente reduzindo a sensibilidade dos ensaios baseados em TAMRA. Apesar dessas limitações, TAMRA tem sido usado extensivamente no projeto de ensaios baseados em sonda.

BLACK HOLE QUENCHERS ™ (BHQS)

As demandas de pesquisas e diagnósticos genômicos modernos, que normalmente estão centradas em torno de uma necessidade cada vez maior de maior sensibilidade do ensaio, levaram ao desenvolvimento de uma série de novos inibidores de tintura. Alguns dos mais conhecidos são os Black Hole Quenchers ™ (BHQs) que foram especificamente otimizados para têmpera baseada em FRET. Por causa da ampla sobreposição espectral coberta por cada corante, a eficiência de extinção é aumentada, quando comparada com moléculas como Dabcyl. Isso, por sua vez, significa que os BHQs como um conjunto de corantes fornecem acesso a uma faixa muito maior de comprimentos de onda para fins de relatório, cobrindo o visível nas regiões próximas do infravermelho do espectro (480-670 nm). Acoplando isso com o fato de que essas moléculas não têm fluorescência de fundo residual (elas são verdadeiras supressoras de escuridão), significa que uma maior escolha de corantes está disponível para uso em multiplexação, levando a uma maior variedade de formulações de sondas.

BLACK HOLE QUENCHER 1

O BHQ-1 é normalmente usado para resfriar na faixa de 480-580nm e pode ser usado em conjunto com os fluoróforos comumente usados; por exemplo. FAM, TET, JOE, Yakima Yellow e HEX.

BLACK HOLE QUENCHER 2

O BHQ-2 é usado para extinguir na faixa de 559-670 nm e é mais eficaz na extinção de fluoróforos, como TAMRA, ROX, Cy3, Cy3.5, Cy5 e LC Red 640.

BLACKBERRY QUENCHER 3

BlackBerry Quencher 650 (BBQ650) é freqüentemente usado para extinguir fluoróforos repórter de comprimento de onda longo. Eles são usados ​​em várias aplicações envolvendo FRET ou têmpera por contrato. BBQ650 é normalmente usado para têmpera na faixa de 550 e 750 nm. Ele pode ser usado em conjunto com os fluoróforos de comprimento de onda longo, como Cy3, Cy5, Cy5.5, TAMRA e Texas Red.

Bases Mistas

SÍNTESE DE OLIGO DEGENERADO

As bases mista padrão são misturas de duas ou mais bases diferentes em uma determinada posição dentro da sequência. As oscilações são frequentemente incorporadas em sondas de oligonucleotídeos projetadas para hibridizar com um gene desconhecido que codifica uma sequência de aminoácidos conhecida. Como o código genético é degenerado, a sonda é preparada com oscilações nos locais degenerados. O uso de adições de base mista no desenho de um oligo degenerado é ideal quando o número de sítios degenerados é pequeno. As oscilações, exceto aquelas no local 3 ', são sintetizadas sem custos extras.

Fosforilação

Os oligonucleotídeos requerem um fosfato 5 'para que a ligação ocorra. Este fosfato pode ser adicionado enzimaticamente usando polinucleotídeo quinase, ou pode ser adicionado quimicamente durante a síntese de oligonucleotídeos. Os oligos fosforilados também são úteis para alterar a susceptibilidade de uma sequência à hidrólise por uma exonuclease, é por isso que as sondas FRET marcadas com um fluoróforo aceitador requerem um fosfato 3 '. Os fosfatos podem ser adicionados na extremidade 5 'e / ou 3' de um oligo.

Fosforotioatos

Um grupo fosforotioato é um grupo fosfato modificado com um dos átomos de oxigênio substituído por um átomo de enxofre. Em um oligo fosforotioado (freqüentemente chamado de "S-Oligo"), alguns ou todos os grupos fosfato internucleotídeo são substituídos por grupos fosforotioato.

A "espinha dorsal" modificada de um S-Oligo é resistente à ação da maioria das exonucleases e endonucleases. Esses S-Oligos podem ser úteis em algumas aplicações "anti-sentido" devido à sua estabilidade aumentada.

GenOne pode produzir locais de fosforotioato entre todos os resíduos ou em locais especificados dentro de uma sequência. Uma opção útil é sulfurar apenas os últimos resíduos em cada extremidade do oligo. Isso resulta em um oligo que é resistente às exonucleases, mas tem um centro de DNA natural.

Modificadores Amino

Os reagentes modificadores amino são usados ​​para introduzir um grupo amino primário no oligo. Este grupo pode ser usado para conjugação com um éster NHS ativado ou marcador fluorescente de isotiocianato. Um modificador Amino também pode ser útil para clientes que desejam imprimir seus próprios microarranjos baseados em oligonucleotídeos.

O Amino Modifier C6 é usado para rotulagem 5 'padrão. Esta modificação possui um grupo amino primário no final de um espaçador de seis carbonos. Mas também o modificador amino C12 pode ser usado.

Para marcação 3 ', o modificador de amino C7 ou C3 é usado. Este modificador amino contém um espaçador ramificado de sete ou três carbonos, respectivamente.

As funções amino internas podem ser introduzidas nas sequências de oligonucleótidos por vários produtos. O modificador Amino C6-dA, o modificador Amino C6-dC, o modificador Amino C6-dG e o modificador Amino C6-dT podem ser adicionados no lugar de um resíduo dA, dC, dG e dT, respectivamente. Além disso, também o modificador Amino C2 dT pode ser usado para marcação interna.

Vários modificadores de amino estão disponíveis na GenOne.

Amino modifier c6(5')

Amino modifier C12 (5')

Amino modifier C6 dA (internal)

Amino modifier C6 dC (internal)

Amino modifier C6 dG (internal)

Amino modifier C6 dT (internal)

Amino modifier C2 dT (internal)

Amino modifier C7 (3')

Amino modifier C3 (3')

Biotina

A biotina (também conhecida como vitamina H) é um composto heterocíclico não aromático com uma cauda de 4-carboxibutila. Uma variedade de derivados de biotina estão disponíveis nos quais a porção de biotina está conectada (através do grupo 4-carboxibutila) a uma molécula de ligação que pode ser ligada diretamente a um oligonucleotídeo.

Os oligonucleotídeos marcados com biotina podem ser usados ​​para ligar o oligonucleotídeo a conjugados de estreptavidina-proteína, colunas de afinidade de estreptavidina ou estreptavidina marcada. A GenOne oferece três rótulos diferentes de biotina.

A porção de biotina pode ser ligada ao oligo através de um espaçador de 8 átomos (Biotina-ON), um espaçador de 15 átomos (Biotina-TEG) ​​ou um resíduo de timidina (Biotina-dT). A biotina pode ser ligada à extremidade 5 ', à extremidade 3' ou pode ser usada internamente dentro de uma sequência. A ligação de uma molécula de biotina ao terminal 3 'também pode ser usada para prevenir a digestão da exonuclease 3' e a extensão 3 'durante as reações de amplificação. A biotina usada para a marcação 3'- é uma Biotina C3 ou 3'-Biotina-TEG.

Para marcação interna, é usada Biotina-dT (um resíduo de timidina modificado com biotina que pode ser usado internamente no lugar da timidina).

A biotina está ligada ao dT por meio de um braço espaçador de 10 átomos.

Se a biotina deve ser removida do DNA após a captura do DNA marcado com biotina com esferas de estreptavidina ou anexando o DNA modificado a uma superfície, o uso de Biotina-PC é recomendado. A biotina pode ser clivada da molécula de DNA iluminando com uma fonte de luz ultravioleta portátil.

Devido à baixa eficiência de acoplamento da Biotina, a purificação dos oligos marcados com biotina é altamente recomendada.

 

Biotin dT (5' - internal)

Biotin ON (5' - internal)

Biotin TEG (5' - internal)

Biotin (5')

Biotin PC (5')

Inosina

Ao usar uma base de inosina dentro de uma sonda de hibridização, este resíduo pode formar pares de bases com resíduos dA, dC, dG ou dT na fita alvo. As bases de inosina podem ser usadas em vez de oscilações e têm a vantagem de que a sonda de hibridização não é "diluída" pelos componentes de não emparelhamento das oscilações. A desoxiinosina pode ser uma base "inerte", sua presença em uma sequência de oligonucleotídeo não parece perturbar a formação do duplex de DNA nem desestabilizar o duplex.

Independentemente dos efeitos de sequência, a ordem de estabilidade dos pares de bases é I-C >> I-A> I-T = I-G.

As bases de inosina estão disponíveis em qualquer posição em um oligonucleotídeo e podem ser usadas várias vezes dentro de uma sequência.

Deoxinosine
Modificadores Tiol

Tiolação pode ser usada para introduzir a possibilidade de acoplamento específico a um ligante contendo sulfidrila através de uma ponte dissulfeto. O grupo tiol terminal permite a ligação de um oligo a vários ligantes, tais como biotina, fosfatase alcalina ou corantes fluorescentes, através de maleimida, iodeto, brometo ou derivados de sulfonil. Além disso, o grupo tiol terminal permite a ligação de um oligo a superfícies sólidas por meio de uma ligação iodoacetamida ou maleimida. A modificação de tiol pode ser colocada na extremidade 5 'ou 3' do oligonucleotídeo.

Tiol-Modificador C3 S-S

O grupo tiol é protegido por uma ligação dissulfato após a síntese do oligo e deve ser desprotegido por um agente redutor antes do uso. O agente redutor deve ser completamente removido imediatamente antes do oligo ser usado em uma reação de acoplamento. O DTT é mais comumente empregado como agente redutor.

PROTOCOLO PARA DESPROTEÇÃO DO MODIFICADOR DE TIOL.

1 - Clivar a ligação dissulfeto a 37 ° C em DTT (100 mM, pH 8,3) por aproximadamente 30 min;

2 - Dessalinize o oligo em uma coluna;

3 - Os oligos modificados com tiol que foram desprotegidos devem ser mantidos sob uma atmosfera inerte ou em uma solução contendo DTT (10 mM) para evitar a formação de dissulfeto oxidativo;

4 - O DTT deve ser removido completamente por extração com acetato de etila ou por dessalinização antes de usar o oligo;

5 - A Biolegio usa 3'-Thiol-Modifier C3 S-S CPG para a marcação 3', e Thiol-Modifier C6 para a marcação 5'-

Se você não conseguir encontrar a modificação desejada

Entre em contato conosco

     

    GenOne Soluções em Biotecnologia 

    Tel: (21) 3285-9105

    Mensagem: 

    Email: [email protected]

    Politíca de Privacidade
    Usamos cookies para garantir que oferecemos a melhor experiência em nosso site. Se você continuar a usar este site, assumiremos que está satisfeito com ele.SimNãoPolítica de Privacidade